Зион – это город в катакомбах под землей, созданный группой сопротивления которые противостоят нашествию роботизированных пришельцев захвативших землю. Жители Зиона понимают, что их убежище раскрыли, и к ним приближается армия машин, и тащат с собой огромный бур, который способен пробить стены города. Из-за нависающей угрозы и превосходства числа противников, Нео и его команда больше не могут сидеть в стороне и разрабатывать новые планы, нужно начинать активно действовать, чтобы защитить последних жителей земли, любой ценой.

Морфеус не теряет надежды на пророчество, в котором гласится, что Нео способен всех спасти и уничтожить армию машин. Но у них нет второй части пророчества. Избранный должен получить его у некой предсказательницы Пифии. Но чтобы встретится с ней, им придется отправиться в матрицу, где они находятся вне закона, и за ними охотится агент Смит. Агент Смит является самостоятельной программой матрицы, которая защищает виртуальный мир от не прошеных гостей.

Прошло уже почти полгода с того момента как Нео освободился от влияния матрицы, и тем самым побудив врагов к активным действиям. Предводитель сопротивления решает не возвращаться в город для его защиты, при помощи боевого корабля «Навуходоносор», он использует все свои силы, чтобы помочь Нео добраться до предсказательницы, чтобы узнать, как можно уничтожить систему машин изнутри. Но они не подозревают, что среди друзей находится агент Смит, завладевший чужим телом во время выхода из матрицы в реальный мир. Но параллельно со всеми проблемами, Нео испытывает большую тревогу за Тринити, к которой испытывает сильные чувства.