Задача, поставленная для Нео, заключалась в перезагрузке матрицы, чтобы все роботы отключились, и команда смогла спасти всех оставшихся людей на Зионе. Но после слов провидицы, что Нео не является Избранным, и даже никогда им не был, он решает спасти только дорогую его сердцу Тринити. В свою очередь, агент Смит, превращается в бесконечное количество копий самого себя, и начинает поглощать матрицу. А после того как он поглотил провидицу, он знает судьбу каждого уцелевшего человека, и их будущее в целом. Машины собирают все свои силы, для последней атаки на крошечные остатки человеческой расы. Морфеус недоволен словами провидицы, но не оставляет надежду на скорое спасение от рук Избранного. Жители Зиона также понимают, что если Избранный их не спасет, то они погибнут. Но, не теряя надежды, с оружием в руках идут снова и снова в бой против машин.

Нео просто обязан спасти все человечество от гнета машин. Но его сознание до сих пор находится в матрице, а его друзья не понимают, что с ним там происходит, и как ему помочь. Избранный просто застрял, при выходе из матрицы, на станции метро – так называемой промежуточной площадке между миром матрицы и миром машин. Чтобы попасть домой, Нео нужно сесть на свой поезд, но и здесь не все так просто, поездом управляет его заклятый враг Меровингер.

А в реальном мире, телом Бэйна овладел агент Смит, клоны которого, тем временем, ищут Нео по всей матрице. Человечество нужно спасать, или сейчас, или уже никогда.